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王诗翔
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特聘副教授
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个人简历

2016年7月获电子科技大学生物医学工程专业工学学士,随后经中科院上海药物所考入上海科技大学攻读硕士学位,2018年4月通过硕博连读考核继续攻读博士学位,同年学籍转入中科院分子细胞科学卓越创新中心(上海科技大学培养),2021年6月获中国科学院大学细胞生物学专业理学博士学位(导师:刘雪松教授)。硕博连读期间获学校A类学业奖学金、博士研究生国家奖学金、2021年上海市优秀毕业生、上海科技大学优秀毕业生。2021年7月受邀前往中山大学肿瘤防治中心进行博士后研究(合作导师:徐瑞华教授,指导老师:赵齐教授、王峰教授),2024年6月出站。2024年7月受聘于中南大学生命科学学院。

王诗翔博士主要围绕肿瘤基因组学数据处理、生物标志物挖掘以及生物信息学算法与工具开发进行了一系列研究工作,发表SCI论文20余篇、申请发明专利5项(授权4项)、谷歌学术引用超过1000次,其主要论著发表于Nature Communications、eLife、Oncogene、Journal for ImmunoTherapy of CancerBioinformatics等国际权威期刊,包括ESI高被引论文2篇。目前他是生物信息学社区Bioconductor、rOpenSci、Openbiox成员,主持国自然青年科学基金、博士后科学基金面上项目和中山大学肿瘤防治中心易方达优秀人才培养基金,是Briefings in Bioinformatics、Journal of Translational Medicine、STAR ProtocolsFrontiers等期刊的审稿人。

王诗翔博士的研究兴趣主要包括以下两个方面,欢迎感兴趣的同学和老师一起交流学习。

1.肿瘤(免疫治疗)组学大数据资源整合与数据挖掘。以数据驱动的科学研究为主,以假设驱动(分子机制)的科学研究为辅(开展合作)。

2.前沿创新的(肿瘤)生物信息学算法与工具研究与应用。 涵盖:

1.肿瘤基因组学

2.多组学整合

3.单细胞组学

4.机器学习与深度学习模型

代表性论文:

  1. Wang S, Wu C Y, He M M, et al. Machine learning-based extrachromosomal DNA identification in large-scale cohorts reveals its clinical implications in cancer[J].Nature Communications, 2024, 15(1): 1515.(一作)

  2. Wang S, Xiong Y, Zhang Y, et al. TCCIA: a comprehensive resource for exploring CircRNA in cancer immunotherapy[J].Journal for Immunotherapy of Cancer, 2024, 12(1).(一作)

  3. Luo L Z, Li S, Wei C, et al. Unveiling the interplay between mutational signatures and tumor microenvironment: a pan-cancer analysis[J].Frontiers in Immunology, 2023, 14: 1186357.(共同通讯)

  4. Tao Z, Wang S, Wu C, et al. The repertoire of copy number alteration signatures in human cancer[J].Briefings in Bioinformatics, 2023, 24(2): bbad053.(共同一作)

  5. Li J, Miao B, Wang S, et al. Hiplot: a comprehensive and easy-to-use web service for boosting publication-ready biomedical data visualization[J].Briefings in bioinformatics, 2022, 23(4): bbac261.(共同一作,ESI高被引)

  6. Wang S, Xiong Y, Zhao L, et al. UCSCXenaShiny: an R/CRAN package for interactive analysis of UCSC Xena data[J].Bioinformatics, 2022, 38(2): 527-529.(一作)

  7. Wang S, Li H, Song M, et al. Copy number signature analysis tool and its application in prostate cancer reveals distinct mutational processes and clinical outcomes[J].PLoS genetics, 2021, 17(5): e1009557.(一作)

  8. Wang S, Tao Z, Wu T, et al. Sigflow: an automated and comprehensive pipeline for cancer genome mutational signature analysis[J].Bioinformatics, 2021, 37(11): 1590-1592.(一作)

  9. Wang S, He Z, Wang X, et al. Antigen presentation and tumor immunogenicity in cancer immunotherapy response prediction[J].Elife, 2019, 8: e49020.(一作,ESI高被引)

  10. Wang S, Jia M, He Z, et al. APOBEC3B and APOBEC mutational signature as potential predictive markers for immunotherapy response in non-small cell lung cancer[J].Oncogene, 2018, 37(29): 3924-3936.(一作)

    谷歌学术主页:

    https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=FvNp0NkAAAAJ

    GitHub开发者主页:

    https://github.com/ShixiangWang