生物信息学是生命科学中一门新兴、前沿、交叉学科。生物医学信息学系前身是原湖南医科大学医学图书情报学系，成立于1987年4月，同年秋季开始招生。1995年6月1日更名为湖南医科大学医药信息系。1998年10月更名为信息管理系。2006年3月，中南大学将医药信息系划归湘雅医学院，并更名为中南大学湘雅医学院医药信息系。2019年2月，为建设“生物学”双一流学科，学校将医药信息系并入生命科学学院，同年更名为生物医学信息学系。自此生物医学信息学系进入了新的历史发展时期，办学实力和师资力量进一步增强。

生物医学信息学系在国内较早开展了医学信息学和生物信息学教学与科研，现拥有1个交叉学科博士点（医药信息管理），2个自主设置的交叉学科硕士点（医药信息管理、公共信息资源管理），1个专业硕士点（图书情报），1个本科专业（生物信息学）。现有在读研究生100多人，本科生80多人。

生物医学信息学系历届主任：柳晓春教授（1987-1998）、李后卿教授（1998-2019.6），现任主任胡德华教授。现有教师15人，其中教授4人，副教授10人，实验教师1人。教师队伍中享受国务院政府特殊津贴专家3人，湖南省121工程人才1人，国家社科基金通讯评审专家3人，教育部学位与研究生发展中心“学科评估专家1人”，教育部人文社科项目评审专家3人，湖南省科技信息工作突出贡献奖获得者1人，省“百人工程”1人，省级青年骨干教师2人，有海外经历的教师6人，另聘有兼职教授10余人。

本系设有生物信息学教研室、医学信息学教研室、信息检索教研室三个教研室，建有医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室、万方数据－中南大学医学知识服务创新联合实验室、医学信息学实验室、生物信息学实验室等省部级以上科研及教学平台。

生物医学信息学系承担全校博硕士研究生《科技信息检索》、《生物信息学原理与方法》、《学术诚信与论文写作》等，以及四年制和五年制医学各专业、八年制临床医学的《信息检索》、《生物信息学》等教学工作。2008年，《信息检索》获得湖南省精品课程；2009年，《文献信息检索》课获评国家精品课程；2018年，《医学文献检索》获湖南省在线精品开放课程。主编或参编“十一五”、“十二五”、“十三五”国家级规划教材《医学文献信息检索》（临床八年制）、《医学文献检索与论文写作》、《卫生信息管理学》、《卫生信息学概论》等教材10多部。

生物医学信息学系近年来承担国家社科基金重点项目、国家社科基金一般项目，国家自然科学基金项目、教育部人文社科规划项目、湖南省社科基金项目、湖南省自然科学基金项目等国家级和省部级以上科研项目50余项。发表高水平论文200多篇，出版著作20余部，科研成果多次获国家五个一工程奖、教育部优秀成果奖、省级科技进步奖和省优秀社科成果奖。